1、确保付款过程中付款凭证与收据同步。工程款涉及金额巨大，付款次数繁多，且多存在付款方直接向供材方、提供劳务方付款抵扣工程款等情形，加之付款周期冗长，极易造成付款金额混乱、票据不统一的情形。建议要求收款方出具项目和资金走向明确的收据，能够清晰体现付款方的付款方式和资金流向，避免结算过程中双方对收据指向的工程款产生分歧而引发纠纷。

2、施工企业应履行配合工程竣工验收等附随义务。建设施工是施工企业的主合同义务，施工企业在完成主合同义务之后，仍负有向发包企业交付竣工验收资料、配合竣工验收备案等附随义务，否则造成工程不能完成竣工验收、商品房迟延向业主交付等情形，施工企业应承担相应的赔偿责任。

3、发包企业不能以施工企业未履行附随义务为由拒绝付款。合同约定的付款条件成就或满足法定付款条件后，发包企业应履行其主合同义务，即向施工企业支付工程款，其不能以施工企业未交付竣工验收资料、未按时开具发票等为由拒绝向施工企业支付工程款。